１台を貸切にするというのは、高熱がある生徒を公共機関に乗せるということで、本人、一般客へのリスクを回避するということができたと思います。しかし、他の生徒が２台の車内で密になるため、他の生徒からの不満が出るのではないかと思います。
今後に向けた備えとしては、旅行保険を確認し、保護者が迎えにくる交通費や、延泊についても想定しておくと良いと思います。
事前の説明会の際に、保護者のお迎えを原則とすることに同意を得ておくことも理想だと思います。